Celem audytu etycznego jest informowanie kierownictwa organizacji o potencjalnych zagrożeniach związanych z moralnością stosunków gospodarczych i życia biznesowego w relacjach wewnętrzorganizacyjnych i w relacjach pomiędzy organizacją a jej otoczeniem zewnętrznym. Audyt ujawnia miejsca, w których struktura i procesy organizacyjne uniemożliwiają pracownikom i menadżerom właściwe postępowanie, tj. postępowanie zgodne z normami etycznymi. Może również służyć do stwierdzania efektywności organizacji w dziedzinie etyki: w tym przypadku mierzone są skutki społeczne oraz wpływ na interesariuszy zewnętrznych.

Istotą audytu etycznego jest ocena stosowania zasad moralnych w organizacji, której celem jest wspomaganie kreacji klimatu etycznego i wypracowanie rekomendacji mających na celu poprawę kultury organizacyjnej firmy i jej stosunków z otoczeniem oraz zwiększenie stopnia transparentności jej działań i prawidłowości podejmowanych decyzji.